La actividad investigadora de Francisco Caamaño Isorna se centra en los nuevos patrones de consumo de alcohol. Sus estudios se dirigen a identificar los factores explicativos del consumo de alcohol, en adolescentes y jóvenes, y sus consecuencias, tanto en el consumo de alcohol en la edad adulta, así como en la integración social del sujeto.

Además, el estudio de la prevención ambiental del consumo de alcohol y del impacto de la regulación en el consumo constituyen también temas de interés en su investigación.