Créditos ECTS Créditos ECTS: 6
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 99 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 24 Clase Interactiva: 24 Total: 150
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Grao RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Química Orgánica, Matemáticas
Áreas: Química Orgánica, Xeometría e Topoloxía
Centro Facultade de Bioloxía
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Sen docencia (Extinguida)
Matrícula: Non matriculable
- Acceder e manexar a información contida nas principais bases de datos en bioinformática.
- Saber analizar e manexar secuencias de nucleótidos e aminoácidos.
- Saber realizar aliñamentos, ensamblaxes e relacións de filogenia entre secuencias.
- Coñecer e saber utilizar os métodos de análises de expresión génica.
- Utilizar as ferramentas bioinformáticas para a análise estrutural e funcional de moléculas
Bases de datos (5 CLE)
Acceso e manexo da información contida nas principais bases de datos “ ómicos” (xenómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.
Análise e manexo de secuencias (5 CLE)
Algoritmos e programas de aliñamento de secuencias de nucleótidos e de proteinas. aliñamento de xenomas, aliñamento de lecturas fronte a un xenoma, etc. Ideas de ensamblado de xenomas. Diferentes métodos para a reconstrución de árbores e redes filogenéticas mediante o uso de secuencias de ADN.
Análise de datos de expresión génica. (5 CLE)
Os diferentas tipos de datos existentes ( Microarrays, RNA- Seq, etc). Algúns dos métodos e programas estatísticos máis utilizados para a súa análise. Xeración de listas de xenes con expresión diferencial.
Bioinformática funcional. (5 CLE)
Análise de pathways e redes génicas. O uso dos termos GO para a análise funcional. Utilización de ferramentas bioinformáticas deseñadas para iso.
Bioinformática estrutural (10 CLE)
Principios básicos de estrutura de biomoléculas. Análise de estrutura de proteínas. Clasificación estrutural de proteínas: Bases de datos. Nocións elementais de modelización molecular. Predición da estrutura de proteínas. Deseño de fármacos por computador
Temario doutras actividades (prácticas, seminarios, titorías, etc)
Análise e manexo de secuencias de nucleótidos e proteínas (8 CLIL)
Práctica 1: Obtención de datos de diferentes tipos a partir de bases bioinformáticas. Almacenamento e edición dos mesmos cun software de manexo de texto plano.
Práctica 2 Utilización dun programa de aliñamento múltiple e reconstrución filogenética
Análise de datos de expresión génica e Bioinformática funcional (8 CLIL)
Práctica 3 Manexo dun software estatístico adecuado para as análises de expresión génica e xeración de listas de xenes expresados de maneira diferencial.
Práctica 4 Acceso ás ferramentas básicas de análises de pathways e análise funcional.
Práctica 5 Análise enriquecida de expresión génica e procuras de termos GO
Bioinformática estrutural (4 CLIL)
Práctica 6.- Construción e visualización de moléculas por computador.
Práctica 7.- Introdución á simulación computacional enfocada ao deseño de fármacos.
-Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition. Jonathan Pevsner, October 2015 Wiley-Blackwell
-Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. Editors Robert GentlemanVincent J. CareyWolfgang HuberRafael A. IrizarrySandrine Dudoit 2005 Springer (recurso online de la BUSC)
-Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Paradis, Emmanuel 2012 Springer (recurso online de la BUSC)
-Molecular Modelling. Principles and Applications (Ed Pearson Education, 2001), Andrew R. Leach
-Introduction to Computational Chemistry (Ed Wiley), Frank Jensen.
-http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial
-http://vina.scripps.edu/manual.html
-Material depositado na aula virtual.
Persoais
CXT7 - Traballar en equipo.
CXT8 - Colaborar en grupos pluridisciplinares.
CXT9- Razoar críticamente.
Sistémicas
CXT11-Aprendizaxe autónoma.
CXT12 - Adaptación a novas situacións ( resiliencia).
CXT13 - Aplicar os coñecementos teóricos á práctica.
Específicas
CE-23. Capacidade de combinar disciplinas como a xenética, a microbiología, a bioloxía molecular, a fisioloxía e a bioloxía celular con disciplinas de tipo práctico como a enxeñería química, as tecnoloxías da información ou a robótica.
CE-31. Obter e interpretar información das principais bases de datos (biolóxicas, ómicas, bibliográficas, etc.) e empregar as ferramentas bioinformáticas básicas.
CE-32. Coñecemento das técnicas de anotación de xenomas, predición funcional e análise de datos de expresión génica.
CE-33. Comprensión das técnicas de predición da estrutura secundaria e terciaria das proteínas e capacidade para manipular e interpretar estruturas.
Palabras descoñecidasCopiar
A docencia expositiva e interactiva será presencial e complementarase co curso virtual da materia.
As titorías serán presenciais e dedicaranse a resolución de dúbidas.
A cualificación da materia obterase mediante avaliación continua (70%) e proba final (30%)
Para a avaliación continua, valorarase a realización de traballos por parte dos estudantes. No caso de que a avaliación continua fose suficientemente satisfactoria, poderíase obviar a proba final, outorgando nese caso á avaliación continua un peso do 100%.
Na segunda oportunidade, empregarase o mesmo sistema de avaliación: presentación de traballos e proba final.
A exposición dos traballos e a proba final serán presenciais.
Na evaluación continua avaliaranse as seguintes competencias:
CGT7, CGT8, CGT9 CGT13, CE-23, CE-31, CE-32 y CE-33
No examen final avaliaranse principalmente as seguintes competencias:
CGT12, CGT11, CE-23, CE-31, CE-32 y CE-33
Advertencia. Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas (plaxios ou uso indebido das tecnoloxías) será de aplicación o recolleito na “Normativa de avaliación do rendemento académico dous estudantes e de revisión de cualificacións”.
Tempo de estudo e traballo persoal
TRABALLO PRESENCIAL NA aula
Clases expositivas (CLE): 30 horas
Clases interactivas de laboratorio (CLIL): 20 horas
Titorías en grupo (TI): 4 horas
Exame e revisión: 5
Antonio M. Gómez Tato
Coordinador/a- Departamento
- Matemáticas
- Área
- Xeometría e Topoloxía
- Teléfono
- 881813151
- Correo electrónico
- antonio.gomez.tato [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Rebeca Garcia Fandiño
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- rebeca.garcia.fandino [at] usc.es
- Categoría
- Investigador/a: Ramón y Cajal
Alejandro Seco Gonzalez
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- alejandro.seco.gonzalez [at] usc.es
- Categoría
- Predoutoral USC
Jesus Fernando Salgado Barca
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- jesusfernando.salgado.barca [at] usc.es
- Categoría
- Predoutoral USC
Alfonso Cabezon Vizoso
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- alfonsocabezon.vizoso [at] usc.es
- Categoría
- Predoutoral USC
| Luns | |||
|---|---|---|---|
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| Martes | |||
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| 09.01.2023 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 04: James Watson e Francis Crick |
| 20.06.2023 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 03. Carl Linneo |