Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Trabajo del Alumno/a ECTS: 51 Horas de Tutorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Lenguas de uso Castellano, Gallego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Departamento externo vinculado a las titulaciones, Zoología, Genética e Antropología Física
Áreas: Área externa M.U en Acuicultura (3ª ed), Genética
Centro Facultad de Biología
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Adquirir conocimientos sobre los principios básicos del análisis genómico
Adquirir conocimientos sobre las aplicaciones del análisis genómico integrado a la mejora productiva sostenible en acuicultura.
Conocimiento de técnicas de:
Análisis genómico estructural y funcional
Análisis bioinformático de datos genómicos
Tema 1. Estructura y organización de los genomas. Análisis genómico.
Tamaño y organización de los genomas. Fragmentación y separación de secuencias genómicas. Aislamiento de cromosomas. Hibridación in situ. Genotecas. Vectores. Estrategias de secuenciación genómica. Modificaciones del método de Sanger. NGS (next-generation sequencing). Genotipado por secuenciación (RAD-seq) Revisión en acuicultura.
Tema 2. Mapas genéticos y mapeo comparativo.
Análisis de ligamiento y recombinación. Poblaciones segregantes y marcadores genéticos. Cartografía genética. Mapas genéticos de alta resolución. Mapeo comparativo y genómica evolutiva. Detección de QTL (loci de rasgos cuantitativos). Integración de mapas genéticos y físicos. Mapeo fino. Clonación posicional. Secuenciación dirigida. Minería genómica. Rastreo de genes candidatos. Análisis de asociación genómica (GWAS). Revisión y aplicaciones en acuicultura.
Tema 3. Genómica funcional
Genómica funcional. Transcriptómica. Microarrays. RNAseq. Regiones reguladoras. Epigenómica: estructura 3D del ADN, metilación del ADN, modificaciones de las histonas, accesibilidad del ADN. Metagenómica. Edición genómica. Tecnologías genómicas de célula única. Identificación de genes candidatos y rutas génicas en procesos biológicos de interés productivo y evolutivo. Aplicaciones en acuicultura.
Programa Práctico:
ANÁLISIS GENÓMICO. Plataforma de Secuenciación y Genómica Funcional: equipamiento y tecnologías. Toma de muestras, extracción de ARN: cantidad y calidad, preparación de librerías para secuenciación. Discusión casos prácticos en especies de acuicultura para estudiar la base genético-funcional de rasgos productivos.
ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO: Gestión, anotación de secuencias genómicas. Caracterización in silico y genotipado de marcadores microsatélite y SNP. Mapeo genético y comparativo. Minería genómica. Análisis de expresión diferencial a partir de datos de RNA-Seq. Casos prácticos en especies de acuicultura.
BÁSICA
-Figueras A. y Martínez P. 2009. Genética y Genómica en Acuicultura (Coord.: P. Martínez y A. Figueras). Publicaciones Científicas y Tecnológicas de la Fundación OESA, CSIC. Madrid. http://www.fundacionoesa.es/images/stories/publicaciones/libros/genetic…
-Lesk, AM. 2017. Introduction to genomics. Oxford University Press, Oxford.
-Liu, Z. 2017. Bioinformatics in Aquaculture: Principles and Methods. John Wiley & Sons Ltd. Online Books. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118782392
-Gallego, F. J. 2019. Genómica y proteómica. Editoral Síntesis, Madrid.
-Pierce, B.A. 2020. Genetics: A conceptual approach. 7th Ed. Macmillan International Higher Education, New York
COMPLEMENTARIA
-Chandhini, S. et al. 2019.Transcriptomics in aquaculture: current status and applications. Rev Aquacult 11: 1379-97.
-De Lorgeril, J. et al. 2020. Differential basal expression of immune genes confers Crassostrea gigas resistance to Pacific oyster mortality syndrome. BMC Genomics 21: 63.
-Figueras, A. et al. 2016. Whole genome sequencing of turbot (S. maximus; Pleuronectiformes): a fish adapted to demersal life. DNA Res 23: 181-192.
-Gavery and Roberts. 2017. Epigenetic considerations in aquaculture. PeerJ 5: e4147.
-Gratacap, R.L. et al. 2019. Genome editing to improve aquaculture breeding and production. Trends Genet 35: 672-684.
- Hwang, B. et al. 2019. Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines. Exp Mol Med 50: 96.
-Houston, R.D. et al. 2020. Harnessing genomics to fast-track genetic improvement in aquaculture. Nat Rev Genet 21: 389–409.
-MacKenzie, .SA. and Jentoft, S. (eds) 2016. Genomics in aquaculture. Academic Press, Elsevier. Londres.
-Macqueen, S.A. et al. 2017. Functional Annotation of All Salmonid Genomes (FAASG): an international initiative supporting future salmonid research, conservation and aquaculture. BMC Genomics 18: 484.
-Maroso, F. et al. 2018 Highly dense linkage maps from 31 full-sibling families of turbot provide insights into recombination patterns throughout a newly refined genome assembly. DNA Res 25: 439–450.
- Martínez, P. et al. 2021. A genome-wide association study, supported by a new chromosome-level genome assembly, suggests sox2 as a main driver of the undifferentiated ZZ/ZW sex determination of turbot. Genomics 113: 1705-1718.
-Nguyen, T.V. and Alfaro, A.C. 2020. Applications of omics to investigate responses of bivalve haemocytes to pathogen infections and environmental stress. Aquaculture 518: 734488.
- Peng, X. et al. 2020. Editorial: Genetic Dissection of Important Traits in Aquaculture: Genome-Scale Tools Development, Trait Localization and Regulatory Mechanism Exploration. Front Genet 11: 642.
- Peters, L. et al. 2018. Environmental DNA: a new low-cost monitoring tool for pathogens in salmonid aquaculture. Front Microbiol 9: 3009.
-Potts, R.W.A. et al. 2021. Potential of genomic technologies to improve disease resistance in molluscan aquaculture. Phil. Trans. R. Soc. B 376: 20200168.
-Robledo, D. et al. 2018. Genotyping by sequencing in aquaculture breeding and genetics. Rev Aquacult 10: 670–682.
-Rodríguez-Ramilo, S.T. et al. 2014. Identification of QTL associated with resistance to viral haemorrhagic septicaemia (VHS) in turbot (S. maximus): a comparison between bacterium,parasite and virus diseases. Mar Biotech 16: 265-76.
-You, X. et al. 2020.Research advances in the genomics and applications for molecular breeding of aquaculture animals. Aquaculture 526: 735357.
RECURSOS WEB:
Bases de datos de secuencias genómicas y transcriptómicas. Genomas animales y de especies en acuicultura. Recursos de mapeo genético y comparativo. Herramientas bioinformáticas.
http://www.ensembl.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
https://gold.jgi.doe.gov/
Competencias generales:
• CG03- Valorar la importancia de los análisis multidisciplinares y la relación entre conocimientos para la resolución de problemas y análisis de puntos críticos.
• CG04- Utilizar las terminologías científicas adecuadas.
• CG08- Potenciar el manejo de idiomas extranjeros.
Competencias específicas:
• CE10- Identificar objetivos relevantes de investigación y planificar su consecución.
• CE11- Adquirir los conocimientos básicos y aplicados de genética y genómica aplicada a la acuicultura.
Competencias básicas:
• CB02- Saber aplicar os conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
Competencias transversales
• CT2 - Capacidad de trabajo autónomo y toma de decisiones.
• CT4 - Habilidad en la búsqueda, análisis e interpretación de fuentes de información variadas y en distintos idiomas (fundamentalmente inglés).
-Clases presenciales teóricas y seminarios. Presentación multimedia y planteamiento de casos/ejercicios prácticos como apoyo al desarrollo conceptual del programa.
-Clases prácticas presenciales: : Laboratorio (equipamientos y procesos de análisis genómico estructural y funcional); Análisis bioinformático (Análisis y gestión de secuencias genómicas y transcriptómicas, Mapeo genético y comparativo, Minería genómica, análisis de expresión génica diferencial a partir de datos de RNA-seq).
Las prácticas se impartirán en la USC, Campus Terra, Lugo
-Tutorías personalizadas: Resolución de dudas y apoyo a la consecución de objetivos popuestos en la asginatura.
IMPORTANTE: La adaptación a los escenarios COVID-19 se refleja en el apartado OBSERVACIONES
Evaluación de la adquisición de competencias específicas y generales propuestos en la asignatura:
Examen (60%); prácticas (asistencia, aprovechamiento; 15%); Realización de seminarios (15%); Asistencia y participación (10%).
Horas presenciales: expositivas (7), seminarios de pizarra (3), prácticas (9).
Tutorías (3 h), Realización y revisión de examen (2h)
Horas no presenciales: 51 (tiempo de estudio, resolución de problemas, preparación de seminarios/trabajo y examen).
Horas totales: 75
Asistir a las clases expositivas e interactivas, prácticas y seminarios. Participar en las clases. Estudiar de manera regular. Consultar dudas sobre las presentaciones de clase y guiones de prácticas. Consultar la bibliografía recomendada. Utilizar las tutorías.
M Carmen Bouza Fernandez
Coordinador/a- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Correo electrónico
- mcarmen.bouza [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
María Belén Gómez Pardo
- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Teléfono
- 982822428
- Correo electrónico
- belen.gomez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
Diego Robledo Sanchez
- Departamento
- Departamento externo vinculado a las titulaciones
- Área
- Área externa M.U en Xenómica e Xenética
- Correo electrónico
- diego.robledo.sanchez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a área externa