ECTS credits ECTS credits: 6
ECTS Hours Rules/Memories Student's work ECTS: 99 Hours of tutorials: 3 Expository Class: 24 Interactive Classroom: 24 Total: 150
Use languages Spanish, Galician
Type: Ordinary Degree Subject RD 1393/2007 - 822/2021
Departments: Organic Chemistry, Mathematics
Areas: Organic Chemistry, Geometry and Topology
Center Faculty of Biology
Call: First Semester
Teaching: Sin docencia (Extinguida)
Enrolment: No Matriculable
- Acceder y manejar la información contenida en las principales bases de datos en bioinformática.
- Saber analizar y manejar secuencias de nucleótidos y aminoácidos.
- Saber realizar alineamientos, ensamblajes y relaciones de filogenia entre secuencias.
- Conocer y saber utilizar los métodos de análisis de expresión génica.
- Utilizar las herramientas bioinformáticas para el análisis estructural y funcional de moléculas
Bases de datos (5 CLE)
Acceso y manejo de la información contenida en los principales bases de datos “ómicos” (genómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.
Análisis y manejo de secuencias (5 CLE)
Algoritmos y programas de alineamiento de secuencias de nucleótidos y de proteinas. alineamiento de genomas, alineamiento de lecturas frente a un genoma, etc. Ideas de ensamblado de genomas. Diferentes métodos para la reconstrucción de árboles y redes filogenéticas mediante el uso de secuencias de ADN.
Análisis de datos de expresión génica (5 CLE).
Los diferentas tipos de datos existentes (Microarrays, RNA-Seq, etc). Algunos de los métodos y programas estadísticos más utilizados para su análisis. Generación de listas de genes con expresión diferencial.
Bioinformática funcional. (5 CLE)
Análisis de pathways y redes génicas. El uso de los términos GO para el análisis funcional. Utilización de herramientas bioinformáticas diseñadas para ello.
Bioinformática estructural (10 CLE)
Principios básicos de estructura de biomoléculas. Análisis de estructura de proteínas. Clasificación estructural de proteínas: Bases de datos. Nociones elementales de modelización molecular. Predicción de la estructura de proteínas. Diseño de fármacos por ordenador
Temario de otras actividades (prácticas, seminarios, tutorías, etc)
Análisis y manejo de secuencias de nucleótidos y proteínas (8 CLIL)
Práctica 1: Obtención de datos de diferentes tipos a partir de bases bioinformáticas. Almacenamiento y edición de los mismos con un software de manejo de texto plano.
Práctica 2 Utilización de un programa de alineamiento múltiple y reconstrucción filogenética
Análisis de datos de expresión génica y Bioinformática funcional (8 CILL)
Práctica 3 Manejo de un software estadístico adecuado para los análisis de expresión génica y generación de listas de genes expresados de manera diferencial.
Práctica 4 Acceso a las herramientas básicas de análisis de pathways y análisis funcional.
Práctica 5 Análisis enriquecido de expresión génica y búsquedas de términos GO
Bioinformática estructural (4 CLIL)
Práctica 6.- Construcción y visualización de moléculas por ordenador.
Práctica 7.- Introducción a la simulación computacional enfocada al diseño de fármacos.
-Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition. Jonathan Pevsner, October 2015 Wiley-Blackwell
-Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. Editors Robert GentlemanVincent J. CareyWolfgang HuberRafael A. IrizarrySandrine Dudoit 2005 Springer (recurso online de la BUSC)
-Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Paradis, Emmanuel 2012 Springer (recurso online de la BUSC)
-Molecular Modelling. Principles and Applications (Ed Pearson Education, 2001), Andrew R. Leach
-Introduction to Computational Chemistry (Ed Wiley), Frank Jensen.
-http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial
-http://vina.scripps.edu/manual.html
-Material depositado en el aula virtual.
Personales
CGT7 - Trabajar en equipo.
CGT8 - Colaborar en grupos pluridisciplinares.
CGT9- Razonar críticamente.
Sistémicas
CGT11-Aprendizaje autónomo.
CGT12 - Adaptación a nuevas situaciones (resiliencia).
CGT13 - Aplicar los conocimientos teóricos a la práctica.
Específicas
CE-23. Capacidad de combinar disciplinas como la genética, la microbiología, la biología molecular, la fisiología y la biología celular con disciplinas de tipo práctico como la ingeniería química, las tecnologías de la información o la robótica.
CE-31. Obtener e interpretar información de las principales bases de datos (biológicas, ómicas, bibliográficas, etc.) y emplear las herramientas bioinformáticas básicas.
CE-32. Conocimiento de las técnicas de anotación de genomas, predicción funcional y análisis de datos de expresión génica.
CE-33. Comprensión de las técnicas de predicción de la estructura secundaria y terciaria de las proteínas y capacidad para manipular e interpretar estructuras.
La docencia expositiva e interactiva será presencial y se complementará con el curso virtual de la materia.
Las tutorías en grupos reducidos serán presenciales y se dedicarán a la resolución de dudas.
La calificación de la materia se obtendrá mediante evaluación continua (70%) y prueba final (30%)
Para la evaluación continua, se valorará la realización de trabajos por parte de los estudiantes. En caso de que la evaluación continua fuera suficientemente satisfactoria, se podría obviar la prueba final, otorgando en ese caso a la evaluación continua un peso del 100%.
En la segunda oportunidad, se empleará el mismo sistema de evaluación: presentación de trabajos y prueba final.
En la evaluación continua se evaluarán las siguientes competencias:
CGT7, CGT8, CGT9 CGT13, CE-23, CE-31, CE-32 y CE-33
En el examen final se avaluarán principalmente las siguientes competencias:
CGT12, CGT11, CE-23, CE-31, CE-32 y CE-33
Advertencia. Para los casos de realización fraudulenta de ejercicios o pruebas (plagios o uso indebido de las tecnologías) será de aplicación lo recogido en la “Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións”.
Tiempo de estudio y trabajo personal
TRABAJO PRESENCIAL EN EL AULA
Clases expositivas (CLE): 30 horas
Clases interactivas de laboratorio (CLIL): 20 horas
Tutorías en grupo (TI): 4 horas
Examen y revisión: 5
TRABAJO PERSONAL DEL ESTUDIANTE
Estudio autónomo individual o en grupo: 45 horas
Resolución de ejercicios, redacción de conclusiones u otros trabajos: 15 horas
Programación / experimentación u otros trabajos en ordenador/laboratorio: 30 horas
Antonio M. Gómez Tato
Coordinador/a- Department
- Mathematics
- Area
- Geometry and Topology
- Phone
- 881813151
- antonio.gomez.tato [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
Rebeca Garcia Fandiño
- Department
- Organic Chemistry
- Area
- Organic Chemistry
- rebeca.garcia.fandino [at] usc.es
- Category
- Professor: University Lecturer
Alejandro Seco Gonzalez
- Department
- Organic Chemistry
- Area
- Organic Chemistry
- alejandro.seco.gonzalez [at] usc.es
- Category
- USC Pre-doctoral Contract
Alfonso Cabezon Vizoso
- Department
- Organic Chemistry
- Area
- Organic Chemistry
- alfonsocabezon.vizoso [at] usc.es
- Category
- USC Pre-doctoral Contract
| Monday | |||
|---|---|---|---|
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Classroom 08. Louis Pasteur |
| Tuesday | |||
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Classroom 08. Louis Pasteur |
| Wednesday | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Spanish | Classroom 08. Louis Pasteur |
| 01.24.2024 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Classroom 04: James Watson and Francis Crick |
| 06.25.2024 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Classroom 03. Carl Linnaeus |