Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Trabajo del Alumno/a ECTS: 51 Horas de Tutorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Lenguas de uso Castellano, Gallego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Departamento externo vinculado a las titulaciones, Zoología, Genética e Antropología Física
Áreas: Área externa M.U en Acuicultura (3ª ed), Genética
Centro Facultad de Biología
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Adquirir conocimientos sobre los principios básicos del análisis genómico
Adquirir conocimientos sobre las aplicaciones del análisis genómico integrado a la mejora productiva sostenible en acuicultura.
Conocimiento de técnicas de:
Análisis genómico estructural y funcional
Análisis bioinformático de datos genómicos
Tema 1. Estructura y organización de los genomas. Análisis genómico.
Tamaño y organización de los genomas. Fragmentación y separación de secuencias genómicas. Aislamiento de cromosomas. Hibridación in situ. Genotecas. Vectores. Estrategias de secuenciación genómica. Modificaciones del método de Sanger. NGS (next-generation sequencing). Genotipado por secuenciación (RAD-seq) Revisión en acuicultura.
Tema 2. Mapas genéticos y mapeo comparativo.
Análisis de ligamiento y recombinación. Poblaciones segregantes y marcadores genéticos. Cartografía genética. Mapas genéticos de alta resolución. Mapeo comparativo y genómica evolutiva. Detección de QTL (loci de rasgos cuantitativos). Integración de mapas genéticos y físicos. Mapeo fino. Clonación posicional. Secuenciación dirigida. Minería genómica. Rastreo de genes candidatos. Análisis de asociación genómica (GWAS). Revisión y aplicaciones en acuicultura.
Tema 3. Genómica funcional
Genómica funcional. Transcriptómica. Microarrays. RNAseq. Regiones reguladoras. Epigenómica: estructura 3D del ADN, metilación del ADN, modificaciones de las histonas, accesibilidad del ADN. Metagenómica. Edición genómica. Tecnologías genómicas de célula única. Identificación de genes candidatos y rutas génicas en procesos biológicos de interés productivo y evolutivo. Aplicaciones en acuicultura.
Programa Práctico:
ANÁLISIS DE EXPRESIÓN GÉNICA: Extracción de ARN: cantidad y calidad para análisis genómico. Análisis de expresión génica diferencial a partir de datos de RNA-seq: caso práctico en especies de acuicultura para estudiar la base genético-funcional de rasgos productivos.
ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO: Gestión, anotación de secuencias genómicas. Caracterización in silico y genotipado de marcadores microsatélite y SNP. Mapeo genético y comparativo. Minería genómica. Análisis de expresión diferencial a partir de datos de RNA-Seq. Casos prácticos en especies de acuicultura.
BÁSICA
-Figueras A. y Martínez P. 2009. Genética y Genómica en Acuicultura (Coord.: P. Martínez y A. Figueras).Publicaciones Científicas y Tecnológicas de la Fundación OESA, CSIC. Madrid. http://www.fundacionoesa.es/images/stories/publicaciones/libros/genetic…
-Lesk, AM. 2012. Introduction to genomics. Oxford University Press, Oxford.
-Liu Z. 2017. Bioinformatics in Aquaculture: Principles and Methods. John Wiley & Sons Ltd. Online Books. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118782392
-Pierce, B.A. 2015. Genética: Un enfoque conceptual. 5ª edición Editorial Médica Panamericana, Madrid..
COMPLEMENTARIA
-Chandhini S, et al. 2019.Transcriptomics in aquaculture: current status and applications. Rev Aquacult 11, 1379-97.
-De Lorgeril J, et al. 2020 Differential basal expression of immune genes confers Crassostrea gigas resistance to Pacific oyster mortality syndrome. BMC Genomics 21: 63
-Figueras A et al. 2016. Whole genome sequencing of turbot (S. maximus; Pleuronectiformes): a fish adapted to demersal life. DNA Res 23: 181-192.
-Gavery and Roberts. 2017. Epigenetic considerations in aquaculture. PeerJ 5:e4147
-Maroso F et al. (2018) Highly dense linkage maps from 31 full-sibling families of turbot (S. maximus) provide insights into recombination patterns and chromosome rearrangements throughout a newly refined genome assembly. DNA Res 25: 439–450.
-MacKenzie SA, Jentoft S (eds) 2016. Genomics in aquaculture. Academic Press, Elsevier. Londres.
-Macqueen et al. 2017. Functional Annotation of All Salmonid Genomes (FAASG): an international initiative supporting future salmonid research, conservation and aquaculture. BMC Genomics 18: 484.
-Nguyen TV, Alfaro AC. 2020. Applications of omics to investigate responses of bivalve haemocytes to pathogen infections and environmental stress. Aquaculture 518: 734488
-Robledo D et al. 2018. Applications of genotyping by sequencing in aquaculture breeding and genetics. Rev Aquacult 10: 670–682.
-Rodríguez-Ramilo ST et al. 2014. Identification of QTL associated with resistance to viral haemorrhagic septicaemia (VHS) in turbot (S. maximus): a comparison between bacterium,parasite and virus diseases. Mar Biotech,16:265-76.
-Yue GH, Wang L. 2017. Current status of genome sequencing and its applications in aquaculture. Aquaculture 468: 337-347.
- Hwang B, Lee JH, Band D. 2019. Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines. Exp Mol Med 50:96.
- Peters L et al. 2018. Environmental DNA: a new low-cost monitoring tool for pathogens in salmonid aquaculture. Front Microbiol 9:3009.
RECURSOS WEB:
Bases de datos de secuencias genómicas y transcriptómicas. Genomas animales y de especies en acuicultura. Recursos de mapeo genético y comparativo. Herramientas bioinformáticas.
http://www.ensembl.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
https://gold.jgi.doe.gov/
Competencias generales:
• CG03- Valorar la importancia de los análisis multidisciplinares y la relación entre conocimientos para la resolución de problemas y análisis de puntos críticos.
• CG04- Utilizar las terminologías científicas adecuadas.
• CG08- Potenciar el manejo de idiomas extranjeros.
Competencias específicas:
• CE10- Identificar objetivos relevantes de investigación y planificar su consecución.
• CE11- Adquirir los conocimientos básicos y aplicados de genética y genómica aplicada a la acuicultura.
Competencias básicas:
• CB02- Saber aplicar os conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
Competencias transversales
• CT2 - Capacidad de trabajo autónomo y toma de decisiones.
• CT4 - Habilidad en la búsqueda, análisis e interpretación de fuentes de información variadas y en distintos idiomas (fundamentalmente inglés).
-Clases presenciales teóricas y seminarios. Presentación multimedia y planteamiento de casos/ejercicios prácticos como apoyo al desarrollo conceptual del programa.
-Clases prácticas presenciales: Laboratorio (Desarrollo experimental de análisis genómico estructural y funcional); Análisis bioinformático (Análisis y gestión de secuencias genómicas y transcriptómicas, Mapeo genético y comparativo, Minería genómica, análisis de expresión génica diferencial a partir de datos de RNA-seq).
Las prácticas se impartirán en la USC, Campus Terra, Lugo
-Tutorías personalizadas: Resolución de dudas y apoyo a la consecución de objetivos popuestos en la asginatura.
IMPORTANTE: La adaptación a los escenarios COVID-19 se refleja en el apartado OBSERVACIONES
Evaluación de la adquisición de competencias específicas y generales propuestos en la asignatura:
Examen (60%); prácticas (asistencia, aprovechamiento; 15%); Realización de seminarios (15%); Asistencia y participación (10%).
Horas presenciales: expositivas (7), seminarios de pizarra (3), prácticas (9).
Tutorías (3 h), Realización y revisión de examen (2h)
Horas no presenciales: 51 (tiempo de estudio, resolución de problemas, preparación de seminarios/trabajo y examen).
Horas totales: 75
Asistir a las clases expositivas e interactivas, prácticas y seminarios. Participar en las clases. Estudiar de manera regular. Consultar dudas sobre las presentaciones de clase y guiones de prácticas. Consultar la bibliografía recomendada. Utilizar las tutorías.
Adaptación del MA a las medidas tomadas por las Univs. para contención de la COVID19:
EN LA SITUACIÓN PREVISTA PARA EL COMIENZO DE CURSO
Docencia expositiva e interactiva de pizarra: Por no superar el aforo en aula permitido por las normas en UVigo y UDC, y ajustarse al escenario 2 de las normas de la USC, las clases expositivas de teoría y pizarra podrán ser presenciales, mientras se mantengan la situación y las medidas generales impuestas por las autoridades.
Docencia interactiva de laboratorio: El mantenimiento de la distancia de seguridad de 1,5 m es imprescindible; fundamentalmente en laboratorios húmedos. Por ello, en caso de ser necesario, se deben desdoblar los grupos de prácticas, para seguir esta norma básica. En caso de que el desdoble ya efectivo en las materias de primer semestre (y alguna del segundo) no fuera suficiente para ajustarse al aforo reducido del laboratorio, deberá aplicarse una reducción de las prácticas presenciales (transformando alguna en pizarra), para poder aplicar una ampliación del número de grupos (con la consiguiente reducción del número de alumnos por grupos).
Examen: Al igual que la docencia expositiva, debido a no superar el aforo de las aulas, los exámenes podrán ser presenciales.
Norma general: El uso de mascarilla Y el mantenimiento de la distancia de seguridad serán obligatorios en cualquiera de los casos.
EN PREVISIÓN DE UN CAMBIO DE SITUACIÓN
En el caso de que se produzca un cambio en la situación y de las normas impuestas por las autoridades, todas las clases de teoría (expositivas) y pizarra se impartirán, por medios telemáticos, tipo Skipe, Teams, o similares, para permitir al alumno la asistencia a la docencia desde casa, habiendo comprobado previamente que todos ellos disponen de suficiente ancho de banda.
Respecto a la docencia de prácticas de laboratorio, en la medida de lo posible se transformarán también en clases de pizarra, mediante ejercicios, vídeos o material semejante, que se compartirán a través de la carpeta en la nube del Máster o, en el caso de exceder la capacidad, por medios como WeTransfer.com o semejantes.
Sólo en aquellos casos en que las prácticas de laboratorio sean imprescindibles y trascendentales [como es el caso de las materias de cultivo], se esperará a ver la evolución de acontecimientos y, sólo si la Autoridad Competente levantara la cuarentena a tiempo, se impartirían y serían cualificadas. En caso contrario, no pudiendo impartirlas, la evaluación de la materia deberá hacerse sólo con la docencia impartida hasta el cierre oficial del curso, usando medios telemáticos también para el examen, que obviamente no podrá ser presencial.
No obstante, de modo voluntario tanto para profesores como alumnos, las prácticas de laboratorio podrían ser recuperadas, posteriormente al cierre del curso, aunque sin posibilidad de evaluación, en fecha y condiciones de común acuerdo. Esto último, siempre que las universidades aseguren la extensión del seguro escolar y de responsabilidad civil de sus alumnos.
M Carmen Bouza Fernandez
Coordinador/a- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Correo electrónico
- mcarmen.bouza [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
María Belén Gómez Pardo
- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Teléfono
- 982822428
- Correo electrónico
- belen.gomez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
Diego Robledo Sanchez
- Departamento
- Departamento externo vinculado a las titulaciones
- Área
- Área externa M.U en Xenómica e Xenética
- Correo electrónico
- diego.robledo.sanchez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a área externa
| Jueves | |||
|---|---|---|---|
| 10:00-12:00 | Grupo /CLE_01 | Castellano | Aula Videoconferencia. Sir David Attenborough |