Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Departamento externo vinculado ás titulacións, Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
Áreas: Área externa M.U en Acuicultura (3ª ed), Xenética
Centro Facultade de Bioloxía
Convocatoria: Segundo semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Adquirir coñecementos sobre os principios básicos da xenómica
Adquirir coñecementos sobre as aplicacións da análise xenómica á mellora produtiva e sustentable en acuicultura.
Coñecemento de técnicas de:
Análise xenómica estrutural e funcional
Análise bioinformática de datos xenómicos
Tema 1. Estructura e organización dos xenomas. Análise xenómica.
Tamaño e organización dos xenomas. Fragmentación e separación de secuencias xenómicas. Illamento de cromosomas. Hibridación in situ. Xenotecas. Vectores. Estratexias de secuenciación xenómica. Modificacións do método de Sanger. NGS (next-generation sequencing). Revisión en acuicultura.
Tema 2. Mapas xenéticos e mapeo comparativo.
Análise de ligamento e recombinación. Poblacións segregantes e marcadores xenéticos. Cartografía xenética. Mapas xenéticos de alta resolución. Mapeo comparativo e xenómica evolutiva. Detección de QTL (loci de rasgos cuantitativos). Integración de mapas xenéticos e físicos. Mapeo fino. Clonación posicional. Secuenciación dirixida. Minería xenómica. Identificación de xenes candidatos. Análise de asociación xenómica (GWAS). Revisión e aplicacións en acuicultura.
Tema 3. Xenómica funcional
Xenómica funcional. Microarrays. RNAseq. Rexións reguladoras. Epixenómica: estructura 3D do ADN, metilación do ADN, modificacións das histonas, accesibilidad do ADN. Metaxenómica. Edición xenómica. Tecnoloxías xenómicas de célula única. Identificación de xenes candidatos e rutas xénicas en procesos biolóxicos de interese produtivo e evolutivo. Aplicacións en acuicultura.
Programa Práctico:
ANÁLISE XENÖMICA FUNCIONAL: Extracción de ARN: cantidade e calidade para a análise xenómica. Análise de expresión xénica a partir de datos de RNA-seq: caso práctico en especies de acuicultura para estudar a base xenético-funcional de rasgos produtivos.
ANÁLISE BIOINFORMÁTICA: Xestión, anotación de secuencias xenómicas. Caracterización in silico e xenotipado de marcadores microsatélite e SNP. Mapeo xenético e comparativo e minería xenómica. Análise de expresión xénica diferencial a partir de datos de RNA-seq. Casos prácticos en especies de acuicultura
BÁSICA
-Figueras A. y Martínez P. 2009. Genética y Genómica en Acuicultura (Coord.: P. Martínez y A. Figueras).Publicaciones Científicas y Tecnológicas de la Fundación OESA, CSIC. Madrid. http://www.fundacionoesa.es/images/stories/publicaciones/libros/genetic…
-Lesk, AM. 2012. Introduction to genomics. Oxford University Press, Oxford.
-Liu Z. 2017. Bioinformatics in Aquaculture: Principles and Methods. John Wiley & Sons Ltd. Online Books. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118782392
-Pierce, B.A. 2015. Genética: Un enfoque conceptual. 5ª edición Editorial Médica Panamericana, Madrid.
COMPLEMENTARIA
-Chandhini S, et al. 2019.Transcriptomics in aquaculture: current status and applications. Rev Aquacult 11, 1379-97.
-De Lorgeril J, et al. 2020 Differential basal expression of immune genes confers Crassostrea gigas resistance to Pacific oyster mortality syndrome. BMC Genomics 21: 63
-Figueras A et al. 2016. Whole genome sequencing of turbot (S. maximus; Pleuronectiformes): a fish adapted to demersal life. DNA Res 23: 181-192.
-Gavery and Roberts. 2017. Epigenetic considerations in aquaculture. PeerJ 5:e4147
-Maroso F et al. (2018) Highly dense linkage maps from 31 full-sibling families of turbot (S. maximus) provide insights into recombination patterns and chromosome rearrangements throughout a newly refined genome assembly. DNA Res 25: 439–450.
-MacKenzie SA, Jentoft S (eds) 2016. Genomics in aquaculture. Academic Press, Elsevier. Londres.
-Macqueen et al. 2017. Functional Annotation of All Salmonid Genomes (FAASG): an international initiative supporting future salmonid research, conservation and aquaculture. BMC Genomics 18: 484.
-Nguyen TV, Alfaro AC. 2020. Applications of omics to investigate responses of bivalve haemocytes to pathogen infections and environmental stress. Aquaculture 518: 734488
-Robledo D et al. 2018. Applications of genotyping by sequencing in aquaculture breeding and genetics. Rev Aquacult 10: 670–682.
-Rodríguez-Ramilo ST et al. 2014. Identification of QTL associated with resistance to viral haemorrhagic septicaemia (VHS) in turbot (S. maximus): a comparison between bacterium,parasite and virus diseases. Mar Biotech,16:265-76.
-Yue GH, Wang L. 2017. Current status of genome sequencing and its applications in aquaculture. Aquaculture 468: 337-347.
- Hwang B, Lee JH, Band D. 2019. Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines. Exp Mol Med 50:96.
- Peters L et al. 2018. Environmental DNA: a new low-cost monitoring tool for pathogens in salmonid aquaculture. Front Microbiol 9:3009.
RECURSOS WEB:
Bases de datos de secuencias genómicas y transcriptómicas. Genomas animales y de especies en acuicultura. Recursos de mapeo genético y comparativo. Herramientas bioinformáticas.
http://www.ensembl.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
https://gold.jgi.doe.gov/
Competencias xerais:
• CX03- Valorar a importancia das análises multidisciplinares e a relación entre coñecementos para a resolución de problemas e análises de puntos críticos.
• CX04- Utilizar as terminoloxías científicas axeitadas.
• CX08- Potenciar o manexo de linguas extranxeiras.
Competencias específicas:
• CE10- Identificar obxectivos relevantes de investigación e planificar a súa consecución.
• CE11- Adquirir os coñecementos básicos e aplicados de xenética, xenómica e proteómica aplicada á acuicultura.
Competencias básicas:
• CB02- Saber aplicar os coñecementos adquiridos e capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa área de estudo.
Competencias transversais:
• CT2 - Capacidade de traballo autónomo e toma de decisións.
• CT4 - Habilidade na búsqueda, análise e interpretación de fontes de información variadas e en distintos idiomas (fundamentalmente inglés).
-Clases presenciais teóricas e seminarios. Presentación multimedia e proposición de exercicios / casos prácticos como apoio ao desenrolo conceptual do programa.
-Clases prácticas presenciaies: Laboratorio (Desenvolvemento experimental na análise genómica); Análise bioinformática (Análise e xestión de secuencias xenómicas e transcriptómicas; mapeo xenético e comparativo; minería xenómica; análise de expresión xénica diferencial a partir de datos RNAseq).
As prácticas impartiranse na USC, Campus Terra, Lugo
-Titorías personalizadas: Resolución de dúbidas e apoio á consecución de obxetivos popostos na asginatura.
IMPORTANTE: A adaptación aos diferentes escenarios COVID-19 reflíctense no apartado OBSERVACIÓNS
Avaliación da adquisición de competencias específicas e xerais propostos na asignatura.
Exame (60%); prácticas (asistencia, aproveitamento; 15%); Realización de seminarios (15%); Asistencia e participación (10%)
Horas presenciáis: teoría (7 h), seminarios de pizarra (3 h), prácticas (9 h).
Titorías (3h). Realización de revisión de exame (2h)
Horas non presenciáis: 51 h (tempo de estudo, resolución de problemas, preparación de seminarios/traballos e examen).
Horas totais: 75 h.
Asistir ás clases expositivas e interactivas, prácticas e seminarios. Participar nas clases. Estudar de xeito regular. Consultar dúbidas sobre as presentación de clase e guións de prácticas. Consultar a bibliografía recomendada. Empregar as titorías.
Adaptación do MA ás medidas tomadas poas Univs. para contención da COVID19:
NA SITUACIÓN PREVISTA PARA O INICIO DE CURSO
Docencia expositiva e interactiva de pizarra: Por non superar o aforo na aula permitido polas normas en UVigo e UDC, e axustarse ao escenario 2 das normas da USC, as clases expositivas de teoría e pizarra poderán ser presenciais, mantendo a situación e medidas xerais impostas polas autoridades.
Docencia interactiva de laboratorio: O mantemento da distancia de seguridade de 1,5 m é imprescindible; fundamentalmente en laboratorios húmidos. Por elo, en caso de ser necesario, se deberán desdoblar os grupos de prácticas, para seguir esta norma básica. En caso de que o desdoble xa efectivo nas materias de primeiro semestre (e algunha do segundo) no fora suficiente para axustarse ao aforo reducido do laboratorio, deberá aplicarse unha reducción das prácticas presenciais (transformando algunha en pizarra), para poder aplicar unha ampliación do número de grupos (coa conseguinte reducción do número de alumnos por grupos).
Exame: Igual que na docencia expositiva, debido a non superar o aforo das aulas, os exames poderán ser presenciais.
Norma xeneral: O uso de mascarilla e o mantemento da distancia de seguridade serán obligatorios en calquera dos casos.
EN PREVISIÓN DUN CAMBIO DE SITUACIÓN
No caso de que se produza un cambio na situación e das normas impostas polas autoridades, todas as clases de teoría (expositivas) e pizarra se impartirán, por medios telemáticos, tipo Skype, Teams, ou similares, para permitir ao estudante a asistencia á docencia dende a casa, tendo comprobado previamente que todos eles dispoñen de suficiente ancho de banda.
Respecto á docencia de prácticas de laboratorio, na medida do posible se transformarán tamén en clases de pizarra, mediante exercicios, vídeos ou material semellante, que se compartirán a través da carpeta na nube do Máster ou, no caso de exceder a capacidade, por medios como WeTransfer.com ou semellantes.
So naqueles casos en que as prácticas de laboratorio sexan imprescindibles e trascendentais [como é o caso das materias de cultivo], esperarase a ver a evolución de acontecimentos e, so si a Autoridade Competente levantara a cuarentena a tempo, se impartirían e serían cualificadas. En caso contrario, non podendo impartilas, a evaluación da materia deberá facerse so coa docencia impartida ata o peche oficial do curso, usando medios telemáticos tamén para o examen, que obviamente no poderá ser presencial.
Non obstante, de xeito voluntario tanto para profesores como estudantes, as prácticas de laboratorio poderían ser recuperadas, posteriormente ao peche do curso, ainda que sen posibilidade de avaliación, na data e condicións de común acordo. Esto último, sempre que as universidades aseguren a extensión do seguro escolar e de responsabilidade civil dos seus estudantes.
M Carmen Bouza Fernandez
Coordinador/a- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Correo electrónico
- mcarmen.bouza [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
María Belén Gómez Pardo
- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Teléfono
- 982822428
- Correo electrónico
- belen.gomez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Diego Robledo Sanchez
- Departamento
- Departamento externo vinculado ás titulacións
- Área
- Área externa M.U en Xenómica e Xenética
- Correo electrónico
- diego.robledo.sanchez [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a área externa
| Xoves | |||
|---|---|---|---|
| 10:00-12:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula Videoconferencia. Sir David Attenborough |