Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica, Departamento externo vinculado ás titulacións
Áreas: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica, Área externa M.U en Investigación Biomédica (2ª ed)
Centro Facultade de Medicina e Odontoloxía
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Coñecer as técnicas de análise de proteínas a nivel molecular, en particular as relacionadas coa súa identificación (proteómica) e coa determinación da súa estrutura tridimensional (cristalografía e RMN). Salientarase o gran potencial destas técnicas no eido da biomedicina, presentándose exemplos de aplicacións. O obxectivo fundamental da materia é que o alumnado se converta en “usuarios intelixentes” destas técnicas; é dicir, que saiban que tipo de cuestións se poden resolver botando man de elas no contexto da investigación biomédica.
PRIMEIRA PARTE:
Expositivas (4.5 horas): Xeneralidades sobre cuestións de Proteómica e deseño experimental.
Tema 1. Introdución a Proteómica. Definición de Proteoma e Proteómica. Obxectivos da Proteómica. Conceptos. Aplicacións. 1 hora
Tema 2. Deseño experimental. Factores importantes a ter en conta antes de iniciar un estudio proteómico. Erros. Fase preanalítica: tipos de mostras, complexidade, rango dinámico, adecuación, variabilidade biolóxica e factores fisiolóxicos, patolóxicos e iatroxénicos que lle afectan, variabilidade técnica e fraccionamento/prefraccionamento. Fase analítica. Fase postanalítica. Tipos de erros. 3.5 horas
Seminarios (6 horas): Aproximacións metodolóxicas en Proteómica e cuestións prácticas.
Seminario 1. Estratexias proteómicas baseadas en xeles (técnicas proteómicas clásicas). Electroforese. Fundamento e tipos. Electroforese bidimensional. Primeira dimensión: Isoelectroenfoque. Segunda dimensión: SDS-PAGE. Aplicacións. Problemas. Métodos de tinguido. Visualización de modificacións postraduccionais. Análise de imaxe. Bases de datos. 1 hora
Seminario 2. Estratexias proteómicas non baseadas en xeles (técnicas proteómicas máis modernas). Cromatografía bidimensional (MudPit, “shot gun” proteomics). A espectrometría de masas (MS) como técnica chave para a investigación proteómica. Principios básicos da MS. Métodos de ionización. Analizadores de masa e espectrómetros de masa. Análise e interpretación de datos de MS e proteómicos. Análise de datos de MS/Huella peptídica (PMF). Análise de datos de MS/MS. Cuantificación. Exercicios prácticos que consistirán na identificación e caracterización de proteínas mediante MS (PMF) e MS/MS (PFF). 5 horas.
Titorías (1.5 horas): Resolución de dúbidas aos alumnos a demanda.
SEGUNDA PARTE:
Expositivas (4.5 horas): Fundamentos e rango de aplicación das técnicas de determinación estrutural de proteínas.
Tema 3. Estrutura tridimensional das proteínas. Xeneralidades. Expresión e purificación de proteínas para determinación estrutural. 0.5 horas
Tema 4. Determinación estrutural mediante cristalografía de raios X. Cristalización. Difracción. Resolución de estruturas. 2 horas
Tema 5. Determinación estrutural mediante resonancia magnética nuclear (RMN). Espectros de RMN. Marcaxe isotópica. Interpretación de espectros e cálculo de estruturas. Estudio de interaccións proteína/proteína e proteína/ligando. 2 horas
Seminarios (6 horas): Discusión de artigos de investigación e protocolos experimentais.
Titorías (1.5 horas): Resolución de dúbidas aos alumnos a demanda.
Proba final (común aos dos bloques; 2 horas)
Bibliografía básica
Cavanagh, J., Fairbrother, W.J., Palmer III, A.G., Skelton, N.J., Rance, M., 2006. Protein NMR spectroscopy: principles and practice. 2nd ed. Amsterdam; Boston: Academic Press.
Corrales, F., Calvete, J.J. eds., 2014. Manual de proteómica. Valencia: Sociedad Española de Proteómica.
Issaq, H.J. e Veenstra, T.D. eds., 2020. Proteomic and metabolomic approaches to biomarker discovery. 2nd ed. [en liña] San Diego: Academic Press. Dispoñible en https://biblioteca-usc.gal/
Lovrik, J., 2011. Introducting Proteomics: from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. 1st ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Liebler, D.C., 2002. Introduction to proteomics: tools for the new biology. 1st ed. Totowa: Humana Press
Rhodes, G., 2006. Crystallography made crystal clear: a guide for users of macromolecular models. 3rd ed. Amsterdam ; Boston: Elsevier/Academic Press.
Veenstra, T.D. e Iates, J.R. eds., 2019. Proteomics for biological discovery. 2nd ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Bibliografía complementaria
Expasy: http://www.expasy.org
Human Proteome Map: http://www.humanproteomemap.org/
ProteomicsDB: http://www.proteomicsdb.org/
A. Wlodawer, W. Minor, Z. Dauter, M. Jaskolski. “Protein crystallography for non-crystallographers, or how to get the best (but not more) from published macromolecular structures.” FEBS Journal 2007, 275, 1–21.
A. H. Kwan, M. Mobli, P. R. Gooley, G. F. King, J. P. Mackay. “Macromolecular NMR spectroscopy for the non-spectroscopist.” FEBS Journal 2011, 278, 687–703.
BÁSICAS E XERAIS.
CG1 - Saber aplicar as técnicas axeitadas para a resolución dun problema concreto de Biomedicina, e poder levar a cabo un proxecto de investigación na materia baixo supervisión, non soamente nos temas cubertos polas materias, senón en contextos máis amplos ou mesmo multidisciplinares.
CG2 - Poder emitir xuízos sobre hipóteses, propostas experimentais ou experimentos xa realizados do campo da investigación biomédica, tanto sobre a validez científica como sobre aspectos éticos e sociais do axuizado.
CG3 - Ser capaz de traballar en equipo nun ambiente multidisciplinar para conseguir obxectivos comúns desde perspectivas diferenciadas.
CG4 - Ser capaz de comunicar as súas propostas, experimentos, resultados, conclusións e críticas tanto ante públicos especializados como non especializados.
CG5 - Posuír as habilidades de aprendizaxe necesarias para manterse ao día no campo da investigación biomédica e as súas técnicas de forma autónoma.
TRANSVERSAIS
T01 - Resolución de problemas
T02 – Técnicas de aprendizaxe autónomo
T03 - Razoamento crítico
T04 - Dominio de idiomas estranxeiros
ESPECÍFICAS
CE2 - Coñecer a anatomía do xenoma, a información obtida polo proxecto xenoma humano, a distribución de alelos nas poboacións humanas e as técnicas usadas para estudar o xenoma
CE3 - Desenvolver a habilidade de entender as alteracións e identificar posibles puntos de intervención terapéutica de calquera enfermidade que se poida atopar como obxecto de estudo na súa carreira profesional
CE5 - Ser capaz de deseñar experimentos no campo da Biomedicina, aplicando as técnicas adecuadas para responder á pregunta pertinente.
CE6 - Desenvolver habilidade práctica no laboratorio de Biomedicina. Ser capaz de seguir un protocolo experimental de forma autónoma.
Clases teóricas (expositivas).
O profesorado explicará os contidos da materia, incluíndo pautas para o uso da bibliografía e para resolver problemas. Nestas clases poderanse plantexar preguntas ou situacións problemáticas sobre un tema, introducir pequenas actividades prácticas, orientar a procura de información, xerar debates, etc., promovendo a participación do alumnado. A asistencia a aula non é obrigatoria, pero si recomendable. O material didáctico empregado polo profesorado na aula será proporcionado aos alumnos, así como material didáctico complementario.
Seminarios
Obrigatorios. En grupos reducidos, nos que se resolverán aplicacións da teoría e se porán exemplos con ferramentas de bioinformática. Estas clases desenvolveranse ben na aula de informática ou ben cos ordenadores dos estudantes na aula de clases expositivas. Nas clases interactivas discutiranse tamén artigos de investigación. En todos os casos será fundamental a participación do alumnado.
Titorías
Opcionais. Realizaranse de forma presencial ou de forma virtual síncrona mediante a aplicación MS-Teams.
Proba final:
Será obrigatoria e podería ser presencial.
Traballo autónomo do estudante
Exercicios propostos en clase que deberán ser resoltos de maneira individual e entregadas en prazo por todos os alumnos (actividade obrigatoria e avaliable). O seguimento destas actividades de avaliación continua farase mediante a entrega periódica, os seminarios e as titorías.
Campus Virtual (Moodle). Manterase activa unha aula virtual na que o profesorado proporcionará a información necesaria para os estudantes (ficheiros PowerPoint, resumos de temas, boletíns de problemas e cuestionarios en liña, novas, anuncios, etc.). Tamén se empregará para o intercambio de ficheiros entre profesores e alumnos, así como para a realización de probas de avaliación continua e final no seu caso.
Plataforma Microsoft TEAMS. Empregarase para clases telemáticas, se fose o caso, e en xeral para comunicacións de voz e vídeo entre os estudantes e o profesorado.
Criterio xeral
A avaliación será igual para todos os alumnos nas dúas oportunidades. A cualificación final será a media ponderada entre a avaliación continua e a proba final, coas seguintes ponderacións: 40% continua e 60% proba final. O 50% da nota final se corresponderá coa parte de Proteómica (Parte A), e o 50% restante coa parte de Estrutura de Proteínas (Parte B).
Criterios específicos da avaliación
AVALIACIÓN CONTINUA (40% da nota). A avaliación continua terá en conta a asistencia e participación activa nas clases, así como a entrega e/ou presentación de traballos individuais e grupais. Competencias avaliadas: todas.
PROBA FINAL (60% da nota). A proba final cubrirá todos os aspectos relacionados cos contidos da materia. A nota de avaliación continua soamente será sumada a da proba final se se supera un 40% da nota máxima correspondente á proba final. Competencias avaliadas: todas.
Horas presenciais: 24 h
Horas de traballo autónomo: 24 h x 2 (factor de traballo alumnado) = 48 h
Total: 72 h
En todos os escenarios recoméndase a asistencia e participación en clase, así como o estudo da materia de xeito continuado e o uso do material bibliográfico subministrado. Aconséllase a aclaración co profesor de posibles dúbidas en titorías e prestarlle atención aos novos avances nesta disciplina difundidos a través dous medios de comunicación.
Recoméndanse coñecementos previos en Bioquímica, Química, Física, Estatística, Xenética.
A materia disporá dunha aula virtual na plataforma Moodle.
A comunicación cos alumnos farase mediante o correo electrónico e as ferramentas das plataformas Moodle e MS-Teams.
Plan de continxencia:
Metodoloxía docente nos escenarios 2 e 3:
Clases expositivas e seminarios: Serán presenciais no escenario 2, pero pasarán a ser on-line síncrono no escenario 3 (MS-Teams).
Titorías: serán sempre virtuais síncronas na plataforma MS-Teams
Proba final: será presencial.
Avaliación nos escenarios 2 e 3:
Todas as actividades de avaliación continua e a proba final serán obrigatorios nos escenarios 2 e 3 coas mesmas ponderacións.
IMPORTANTE: Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recolleito na "Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións". Tamén queda terminantemente prohibido a distribución, por distintos medios (por exemplo, páxinas web) e sen consentimento dos profesores, de calquera material docente colgado na aula virtual ou proporcionada por outros medios.
Francisco Javier Salgado Castro
- Departamento
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Área
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Teléfono
- 881816928
- Correo electrónico
- franciscojavier.salgado [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Susana Belen Bravo Lopez
- Departamento
- Departamento externo vinculado ás titulacións
- Área
- Área externa M.U en Xenómica e Xenética
- Correo electrónico
- susanabelen.bravo [at] usc.es
- Categoría
- Profesional área externa_máx. 30 h
Victor Manuel Sanchez Pedregal
Coordinador/a- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Teléfono
- 881814221
- Correo electrónico
- victor.pedregal [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
| Martes | |||
|---|---|---|---|
| 09:30-11:30 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Medicina-Aula 9 |